07.11.2008

Polish Sci-Fi&Fantasy

After a long break caused by writing of my PhD thesis, I can at last read books for fun. The other day I was in "Empik", which is a large media store full of really cool things, books included. I spent most of the time there contemplating two bookshelves filled with Sci-Fi and Fantasy books. One was devoted to foreign literature, mostly coming from the USA. The other one, was packed with works of polish writers. It was a pleasing view, especially when I compared the sizes of these shelves. They had similar amount of books! Now, of course USA produces astonishing amount of Sci-Fi and Fantasy, so for an American this might be unremarkable, given the fact that you can make only so many translations per year.

Therefore, to explain my enthusiasm I must go back in the history. When the communism ended, Poland was drowned under waves and waves of American books. Nobody wanted to release books by Polish writers and it seemed that they would not stand a chance on such saturated market. The things have changed a lot since that times, it looks like prophets of doom were utterly wrong. I have recently read in "Science Fiction, Fantastyka & Horror" magazine that many people say that they want to read just a polish Sci-Fi & Fantasy. I think it is great. It is marvelous. When I consider the sheer number of books on the shelves I came to conclusion that even if I wold devote more time to reading I would not be able to deal with all the books and short stories produced by Polish writers.

Of course, there is a matter of quality. As with everything, I presume, there is a lot of rubbish and few precious stones. I am not saying that polish literature is better but I would frequently pick polish book over American one. I find that polish authors are very innovative and at the same time, their books ring a familiar tone. It is very different from US fiction and so Polish that I simply cannot stop enjoying it.

I have just finished reading "Lód" by Jacek Dukaj - a huge, to be sure, but gripping and beautiful book. It stands out from the crowd, not only because of its sheer size, but most of all due to its incredible story. “Lód” deals with a world where there was no World War I nor Bolshevik revolution. The Earth was struck by the Tunguska meteorite, but unlike in a real history, this event have caused the enormous changes to the world, spreading scraps of the weird metal caused tungetite across Siberia. After the explosion, a permanent winter started, covering land with ice, that slowly spreads from Siberia to european part of Russia and further into Europe. The reason for this phenomenon are most likely uncommon physical properties of tungetite. When it is struck with a hammer it cools down instead of heating up, when particles of tungetite are burnt they emits anti-light, which are called shlight. This anti-light casts spooky anti-shadows, so tungetite saturated candles are becoming an instant hit among the spiritualist crowd. To make it even more complicated ice is inhabited by a strange entities, “Lute”, which are moving assemblage of ice and matter caused by extremely low temperatures. Are Lute intelligent? Why they move toward cities? Why they seem to be able to predict the future events and appropriately modify their routes?

“Lód” is a very uncommon book. It is not something that you would read overnight. It forces you to devote your time and brain to dig in and understand the incredible concepts presented in the book. Firstly, physics within ice works differently. At first it is unintuitive and you really need to wrap your mind around its strange new concepts. Secondly, the book deals with philosophy, logic and history. There are Russian philosophers, described to the main character, while he travels to Siberia, suggesting that something is deeply wrong with their world. The ice and the new “black” physics induced by Tunguska event have “frozen” the history. This is a motif similar to that from P.K. Dick's “Man in the high Castle”.

The land covered by ice, “Winter”, is a world of pure Aristotelean logic as opposed to “Summer”, the land of constant “maybe” and unlimited possibilities, ruled by Kotarbiński's logic. In consequence, the ice changes people living in “Winter”. There is no maybe... Characters are saying the truth or lying. They are good or they are evil, without shades of gray. The catholics now with an absolute conviction that orthodoxes are heretics and vice-versa. “Lód” is also casts interesting light on Polish-Russian relationships. It is true that Poles are dreaming about death of Tsar and freedom for their country. It is also true that Russians despise Poles for their vanity. But “Lód” is not a story about good Poles and evil Russians. Quite on the contrary. It shows noble and selfless Russian military officer and traitorous polish journalists. Piłsudski, father of the nation in the real history, here is a charismatic terrorist, that seems to be no better than Tsar. I think this Poland-Russia aspect of the book was for me one of the most interesting problems discussed in “Lód”.

The last thing I have to mention is a writing style used by the author. “Lód” is written in XIX century polish, now archaic and strange, but ensuring that the reader immerses itself in the world described by the book. I firmly belive that “Lód” is an excellent example, why it would be great if more of the Eastern European Sci-Fi & Fantasy was translated to English. World does not end on the eastern side of Odra river, it just takes on different, fascinating colors.

30.10.2008

The Brain

I listened today to the newest FiB podcast. This time dr. Marc Peltier was interviewing Dr. Justin Sanchez from Department of Neurology, University of Florida. Normally I am not particularly interested in neurology but this podcast was just amazing. Dr. Sanchez works on creating an interface connecting neural system with electronical devices. This seems like an idea stright from Neuromancer - a typical cyberpunk gimmick. But it opens a new exciting ways of creating prosthetics for disabled people. In short electronical device can read neural impulses and translates it into the actions performed by a cyberarm or cyberleg or cyberwhatever! On top of that it can be use for medical telemetry, i.e remote monitoring of the patient's health.
The interview with dr. Sanchez is just briliant - a definite must listen for anyone interested in science or SF. This podcast was a nicely timed with a recent news on cybernetic monkeys. Truly, we are living in a fascinating times!

26.05.2008

7 minutes of Terror are over!

The new mars probe - Phoenix, have landed today on the surface! You can see pictures here. This is a very exciting mission. Phoenix is equipped with a state of art scientific hardware and a drill that will help in getting information about presence of water in the Mars' polar crust. I would like to recommend a very interesting podcast about Phoenix mission that was recorded few months ago on the Futures in Biotech. This is very exciting time for people interested in Mars and exploration of Space. I cannot wait for the first results!

30.04.2008

The old professors

Recently I am reading a lot of scientific papers, which given the fact that I am writing my thesis is not remarkable in itself. The scary thing is that I started to enjoy some of them. Yes, really! The reason of this weird phenomenon is of course starvation, resulting from the lack of time to read anything more entertaining.
Additionally, it seems that I started to be a connoisseur of sorts. For any sane person scientific paper is something that you have to read in order to assimilate knowledge and get ideas for your own work, as well as see what competition is up to. That is a case with me of course, but I have also found that if you are reading some papers that have been written by the old professors they can be really entertaining (in relative terms, there are thousands of more entertaining stuff around).
I read two such papers in recent weeks and I would like to write few words about them.
First one was written by prof. N. Tolbert - one of the scientists responsible for the elucidation of so called photorespiration. This process takes place in most of the plants, where if carbon dioxide is limiting, oxygen is fixed instead. This process is frequently considered wasteful, since it leads to decrease in crop yields during hot and sunny days.
Prof. Tolbert's paper (Annu. Rev. Plant Physiol. Plant Mol. Biol. 1997) is a review devoted to photorespiration, but what makes it so interesting is that it was written from his point of view and contains a lot of personal details about him and people he was working with. It makes really huge difference from normally strict and bland scientific style. I did not learn many new things from this paper but for sure I had a lot of fun reading it and I was laughing frequently. And on top of that I found out that Prof. Tolbert is making something that philosophers of science call a bold prediction. He claims in his paper that process of photorespiration is one of the main agents responsible for the ratio of oxygen to carbon dioxde in atmosphere. In other words, the fact that we have 21% of oxygen in air results from the fact that any more than that in atmosphere containing ~300 ppm of CO2 would lead to increase of photorespiration that acts in this system as a reverse feedback, leading to increased production of CO2 and decreased oxygen evolution by plants. Now, the catch is that global rise in CO2 shifts this balance. Prof. Tollbert predicts that a new balance will be 27% oxygen! I am really interested if anyone checked if we really observe any measurable increase in oxygen concentration over last 100 years.
Another paper I was enjoying greatly was written by professor John Allen "The function of genomes in bioenergetic organelles" (2003). This one is not really that entertaining as far as writing goes, but has a paramount importance in putting my work in a wider context. Such a shame I did not read it before. I am not exaggerating when I say that I was totally hooked up on the ideas presented in the paper. To make long story short - we all have in our bodies descendants of bacteria that underwent, so called, endosymbiosis. Mitochondria, which I have in mind are the powerplants supplying energy to our cells. Plants have mitochondria as well but they also posses chloroplasts - these are endosymbiotic entities (a proper biological term is organelle) that are responsible for conversion of light energy into biologicaly available energy. The significance of these two organnelle is hard to overestimate, explaining why there is so much research (of which I am lowly participant)devoted to elucidate inner workings and regulatory mechanisms involved in this structures.
For those not knowing, I explain - mitochondria are not only producing energy, but they are also playing an important role in many diseases, of which cancer is probably the most important. The chloroplasts, on the other hand, may not be a focus of so much attention, but given the impending fuel crisis and increasing scarcity of food, it is not hard to realize how much we are dependent on plants and algae.
So know, when I explained what are these two organelle, I can explain why I consider prof. Allen paper to be such an important piece. The organelle are hiding one very puzzling secret. Why is it so that they contain their own genome? Both mitochondria and chloroplasts have DNA encoding a relatively small subset of genes. Why is it such a big deal? Well, as I have already mentioned mitochondria and chloroplasts are involved in production of energy, and this process is not without its dangers. Conversion of energy is very efficient but not perfect, leading to production of small amount of very reactive chemical entities called reactive oxygen species. They are damaging everything they come in contact with. Of course there are defense mechanisms in place but, as everything, they are not perfect. So having a DNA exposed to a source of highly damaging chemicals does not seem as a particularly good idea.
This fact is widely regarded as a curiosity that is hard to explain. Why natural selection did not take care of this?
There are several competing hypotheses:
1) Transfer of genes is still not finished.
2) Certain proteins cannot be imported (transferred from cell cytoplasm into the mitochondria/chloroplasts).
3) Some evolutionary event blocked gene transfer.
4) Few others that are modifications of the above.
5) Co-location for redox regulation (CORR) - the hypothesis that I like the most is the one presented in the Allen paper.
This hypothesis takes in the fact that there is statistical irregularity in the distribution of the organelle genes in different species. Namely, subset of genes involved in production of energy, as well as genes encoding proteins involved in the regulation of first subset are overrepresented in the organellar genome. This may mean that it is advantageous for an organism to retain certain genes due to the fact that they have to rapidly respond to changes in the environment and such localization allows them to do so in the most efficient manner.
I do not feel confident to summarize the whole paper as well as multitude of experimental research that went into forming of CORR hypothesis but I would like to explain why I think paper describing CORR is such compelling and important paper.
Allen took a great care in highlighting facts that form his hypothesis, described alternative hypotheses and presented several possible points that can lead to refutation of CORR. To me this paper is something that places my own work within a research program as understood by philosophy of science. It made me realize few important ideas that help me to deal with background and implications of my work.
I hope I showed that scientific papers can be entertaining and gripping from time to time. Thank God for old professors!

05.04.2008

To Holmgard and beyond!

Yesterday I was, for a first time since long ago, on a metal concert. And it was awesome!
When few days back I spotted posters proclaiming that "Turisas" is coming to town I knew that this is the time to finally fulfill a dream of mine and join the fellow headbangers for an epic evening.
Turisas have been one of my favorite bands for a long time now. I have found them on last.fm, while reading about another great band "Ensiferum". As I found out, both come from Finland - I am wondering what is with this country that it breeds so many excellent bands - most of my favorite bands comes from there.
Of course I was a bit shy at first with my decision. I do not have any metal friends in Stockholm and I wouldn't like to drag my wife to the concert, knowing that she would not enjoy this at all. Well, world belong to the courageous, or so they say, so I bought a ticket and headed to Klubben hoping that I want be consumed by flesh eating satanic norwegian Loki worshiping pagans.
I was quickly calmed and even a little bit disappointed by the fact that all people seemed to be quite normal. On top of that, I was actually feeling more at home than anywhere in Stockholm. All foreigners are quick in observing that Stockholmers are clothing themselves a tad bit eccentric.
Well people outside the Klubben with a few exceptions were all clothed in black, sporting metal themed t-shirts. I felt like I was in Krakow in "Rotunda", more than in Stockholm. Nice.
So after waiting for 30 minutes concert started with a support band called "Månegarm". I will just say that it was a serious down to earth guitar shredding and cookie monster singing. In other words serious business. Of course I was stunned in a short time, and be saying stunned I mean in literal sense deafened by a wall of sound and hellish growls. I guess orcs of Mordor would be proud of this guys. That being said, after the third song I have started to really enjoy their performance. Maybe that is way death metal bands can survive? I can hardly imagine how I could listen to that music at home, but at the concert they were fantastic!
So finally there was a time for a serious ear-drum kicking by "Turisas". They jumped on the stage, clothed in furs and hides with faces painted in red and black. If that is how Vikings looked when they were descending from their boats to put towns and villages to fire and sword, I can imagine the fear their victims must have felt.
I know that most peoples would consider this funny and stupid. I say to hell with you. I enjoyed this theatrical costumes and a play they were making on the stage. This really added a nice touch to the story of Varangians.
Fuck the guitar Solos!

So know I will tell you why I like "Turisas" and metal so much. It is because of whole experience around this music. It is, in my opinion, unlike any other kind of music I know. Metal, at least the one I am listening to, is inspired by fantasy, sci-fi and often, as in case of Turisas history. It is not concerned too much with contemporary problems and I am fine with that. It tells the stories of heroes and villains, of battles and horrors. The music is usually very energetic and convey, at last for me, strong emotions. And that is what I love about it.
The Turisas concert was promoting their new album "The Varngian Way". The album tells the story of vikings going to Novogrod (Helmgard) and further down south until the gates of Byzantium. It has everything I expect from such a work. There are battle songs, crazy "party" song "In the court of Jarrisleif" and last but not list epic "Miklagard overture". I enjoyed it immensely while listening on my media player and I enjoyed it even more on concert. That is true that my eardrums would be pierced to pieces if I were not protecting them, but I think it was an amaaizing experience to scream and wave my hands and applaud the band. And I couldn't not to do this. I may be overextatic about the whole thing but it seems to me that guys and a gal from "Turisas" were having as much fun as the public. It was a great evening and I am happy I was there.

31.03.2008

Beigles

The fact that I do not know how you spell it in English does not prohibit me from enjoying them immensely. I remember eating them almost every day when I was studying in Krakow. You know, sort of a easily affordable student fast food. I have checked, and according to Wikipedia we have, in Poland, three closely related buns that are produced from yeast dough, which is boiled for a short period of time before baking. Wikipedia is not very specific what are differences but notes that many make a mistake of naming them improperly.
Well, I do not really care, as in my quest to become a perfect house hen I achived another important landmark - I have learned how to bake beigles!
All credit goes to author of this website, I am just translating and adding some useless remarks. Well, maybe I am too hard on myself. I have found two recopies and remarks contain synthesis of what I think is best.

Ingredients:


Dough:
  • 1 1/2 cup of lukewarm water
  • 4 cups of flour (I am mixing all-purpose flour with some full-grain or rye flour)
  • 30 g of yeast
  • 1 tablespoon of sugar
Additionally:
  • 3 tablespoons of baking soda/2l of water
  • 1 egg
  • Sesame, poppy seeds, thick sea-salt
  • Some paper towels and a brush.
  • Preheat the oven to 250 C.

Preparation:

Mix all dough ingredients in a bowl. Dough should be soft but not sticky. Leave for approximately one hour, cover bowl with a cloth or something similar, so the dough won't dry.
Divide the dough into 12 pieces, make balls and make a hole in the center with your finger. Leave them on the table for 30 min.
Boil water in the pot, add baking soda (I am a bit uncomfortable about this. I have decreased the amount to 2 spoons, but I guess you can skip it altogether).
Boil the beigles, one by one for few seconds (according to second recipe it should be 1,5 min and I was boiling for that long). Flip them, while they are inside the pot so both sides are in contact with water. Dry them on paper towel and put on the baking plate covered with baking paper.
Use a brush to cover upper side of beigles with scrambled egg and apply topping to your taste. This is a good part. I love sesame and I remember being always convinced that street vendors reap me by selling me the ones with least amount of sesame. As you can guess, due to this traumatizing experience I am quite generous with the topping. Better yet, why not mix poppy seed, sesame and salt!?
After you sprinkle your beauties with topping brush some more egg, so the topping will be firmly fixed.
Now you are good to go, except one additional trick - I am using it as well for baguettes so the skin is more crisp - sprinkle some water in the oven so you have some steam inside before you put your beigles inside. Bake until they are brownish, it should be around 15 min.
Remember, if you eat them while hot you tummy can hurt so try to be patient!

25.03.2008

Linux, Wine and Games

I remember my first attempts at use linux. I made a resolute decision not to give up but it was hard. Time and time again I needed to boot windows to use this or that program. I found linux to be exotic and tempting but frustrating at the same time. I remember that there was a little hope under the name of WINE - a program that allows running windows programs under linux. I spend hours trying to get anything to run. Mostly without success. Slowly I gave up, using and finding more and more open source applications. After over three years of using Ubuntu on the daily basis, both at home and at work, I found that there is just one thing I need Windows - games. That being said, I am not playing nowadays so much. Every now and then I decide to waste some time playing some strategy or RPG, only to find out that I am bored quickly and return to linux to to some other stuff. Of course having Playstation 2 is also a factor diminishing my need to use Windows.
I will describe wider how one can entertain himself using linux and floss some other time. Now I will stay on the topic of games. Recently I decided to give a try to WINE one more time, not because I needed to. Simply because I was bored.
WINE is slowly getting closer to version 1.0 and I can just say - it shows. I was able to run "Baldurs Gate" without a hitch, a feat in itself if you consider that running it under XP is not that straightforward. Later I found out that games from the series of "Age of Wonders" are working as well. Looking at the application database I found out that many others works as well - I was concentrating on strategies mainly - HoMM3, Europa Universalis 2, Starcaft, Worcraft III and many others are functioning quite well. I have a doubtful privilege of having very weak graphic card so most of the 3d games are out of my reach, but I know that you can play Call of Duty, Half Life II, Counter Strike not to mention Unreal and different Quakes.
To sum up - I would need a lot of time to finish good games that one can play using linux and WINE.
If you add to this mix native, open source games, such as Freeciv or Wesnoth, it is really hard to complain. Happy gaming!

22.03.2008

The dawn of the civilization

Recently I have been listening to the 19th episode of the excellent podcast "Game's the Thing" devoted to Reiner Knizia's tile laying games. My attention have been drawn to one game in particular, the "Tigris and Euphrates". I have read about this game before, but the theme wasn't sounding very exciting so I didn't care too much. I was so wrong. Fortunately Ron and his buddies have changed my mind and after a short consultation with my wife, we have decided to invest our money in the game on the account of Easter Bunny present.
The box looked quite solid, so were the insides. I wasn't put off by the manual too much, having been read that the game is on the hard side of things. Now we needed only a chance to play.
Finally we got an opportunity on the Great Saturday. We played with our friend, Tomas. I was the most well read in the ways of T&E having read manual two times, and playing once against the computer in the java version of the game. I have to say that I was expecting to crush my opponents and scatter them to the wind under the wheels of my mighty chariots. I was wrong...
The game started surprisingly quickly, a picture above shows result after, I think, third round. I wanted to illustrate some rule, so I did some stupid move, when my wife, who were claiming she does not understand the game launched a sneak attack and won first war against me.
From here it was downhill and my ambitions were smashed in blood of my minions. Tomas and my evil wife divided the map among themselves and I was like a fifth wheel. I had my moments of glory, thats true. The incredible thing about the game was that, as we played the complexity and strategical possibilities were unraveling in front of us. T&E does not seem like an easy game. Rules are not that complicated, really but after playing I can say that there is plenty of meat to sink your teeth in.
At some point, when everyone was entrenched behaind a wall of temples we found out about catastrophe tiles. I am telling you that was a true nuclear exchange, within two turns there was a lot of gaps in the map.

All in all game was closing to the finish, becoming more and more tense. The devilish rule stating that winner is a person who has the most points in his weakest sphere (farming, settlements, farms and temples) was really getting my blood flowing.
Finally, in the last turn Tomas decided to join two gigantic kingdoms into one, initiating three external wars. He won two against my wife, who in turn took revenge on me, scoring 13 points in one engagement! As a result kingdom was broken into six small fiefdoms! I guess this nicely illustrates the pacifists' point of view.
Then it was a point to reveal who is the winner. I was out having only 13 points in my weakest sphere. We were convinced that Tomas will win, after scoring so many points in the war.
Of course Gosia was the winner. She just has this talent, you know.
All in all, that was a great game and I am really looking forward to repeat this experience.

16.03.2008

Runebound massacre


Another weekend, another game. This week we have been playing "Runebound" - an adventure game form Fantasy flight games, in which players are taking upon themselves roles of brave heroes that try to stop the mighty Dragon Lords from destroying a land of Terrinoth.
As usual, Runebound took us enormous amount of time. We played it with three players, one new to the game, and it took us over 4 h. to finish it. Not your typical party game...
It was quite a fun - killing monsters, collecting money and buing stuff. Diablo of a bordgames, really.
We played with three female characters - an assassin, a runewitch and last, but not least, Red Scorpion, a character with equal skills in each attribute and five hit points, as opposed to four for other players. The only downside of the Red Scorpion, also known as Sister Tittie, was relatively low damage value. The fact that we had only female characters and my wife and our friend Ania have a frivolous sense of humor led to some shockingly bad jokes about methods of enemie distraction...

The game started bad for Ania, whose character was knocked-out three times during the game , due to the bad rolls, causing her to be relatively weaker than our characters.
Unfortunately I feel like a worst munchkin after the game. I have created a monster. I have seen this before, when playing with our other friend. He whipped our backsides terribly creating very powerful combination of magical artifacts.
So did I. Not only I had a really good rolls, but I had also collected some really nifty stuff. One I really liked was a Fetching Imp - a familiar allowing me to buy and sell things without visiting the cities. Few well aimed bombs were also quite useful. Funny thing is that I did not had any very strong weapon, except Soul Rune at the end of the game. I have advanced so quickly, that by the end of the game I had 12 in all skills, meaning that I was automatically hitting most of the yellow challenges. Truth, I had one attack per turn with only two attacks, and I did not posses any "Before Combat" artifacts, but allies filled gaps pretty nicely. I must stress that point - allies are critical. For example I had an Accolyte of the Flame - the useless ally worth one gold coin. But he could soak a damage, and near the end of the game he was able to survive two turns against some terribly powerful dragon and even hurt him a little! I admit that was a sheer luck, but still it is better than facing such a creature alone.
So I won. Not very sporty of me, but it happens. And I am rather glad.
Here are some pictures.

12.03.2008

Mój pierwszy obwód!

Kilka miesięcy temu zainteresowałem się elektroniką. Zastanawiam się jak do tego doszło. Właściwie dość już mam różnych hobby, żeby pakować się w kolejne. Z drugiej strony nie lubię uczucia, że czegoś nie wiem. Niektórym to przeszkadza, ale mnie świadomość, że tak ważny dział współczesnej techniki pozostaje dla mnie niezrozumiały, irytuje mnie niepomiernie. Nie jestem inżynierem i przyznaję, że matematyka i fizyka zawsze sprawiały mi problemy. Na szczęście szkoła/studia się skończyły i nie muszę się martwić, że dostanę pałę, albo zepsuję sobie średnią. Teraz sam wybieram, czego chcę się uczyć.
video
Kolejnym powodem są moje zainteresowania zawodowe. Jako biolog zajmuję się sygnalizacją komórkową - mechanizmami odpowiedzialnymi za regulację procesów komórkowych na wydarzenia zachodzące w środowisku, a także wynikające ze statusu komórki i programu rozwojowego. Ta dziedzina biologii molekularnej zawsze mnie fascynowała i, choć jest niezwykle trudna, to trudno mi sobie wyobrazić bym zajmował się czymś innym w biologii. Oczywiście, choć "wetware" - białka i niskocząsteczkowe substancje sygnałowe to dziedzina odległa od elektroniki, ale nietrudno dostrzec podobieństwa. Im dłużej studiuję tą dziedzinę, tym bardziej dochodzę do wniosku, że poznanie elektroniki, pomoże mi w lepszym zrozumieniu sygnalizacji komórkowej.
W komórce ma miejsce recepcja sygnału (sensory), amplifikacja (kinazy), integracja sygnału (crosstalking), sprzężenie zwrotne itd. Pamiętam że kiedyś czytałem pracę naukową, w której autorzy rozrysowywali szlaki sygnałowe rysując bramki logiczne. Wydaje mi się, że czas poświęcony na nauczenie się podstaw elektroniki, nie będzie czasem straconym.
Nie muszę chyba przekonywać nikogo, że internet jest wspaniałym źródłem wiedzy, także o elektronice. Do tego komponenty są raczej tanie. Nic, tylko brać się do roboty...
Wideo powyżej przedstawia mój pierwszy obwód - zbudowany na bazie timera 555 migacz. Ze wstydem przyznam, że składałem go kilka razy, zanim w końcu zadziałał.

09.03.2008

Puerto Rico

Wczoraj rozegraliśmy z naszymi znajomymi, Jenną i Tomasem, partyjkę "Puerto Rico". Panie rozgromiły nas bez trudu uzyskując 43 (Jenna) i 42 punkty (Gosia) Ja, pomimo, że jak zwykle miałem doskonały plan, skończyłem grę zajmując chlubne ostatnie miejsce. Do diaska!
Porażka nie stępiła mojego entuzjazmu do tej gry, wręcz przeciwnie. "Puerto Rico" jest najciekawszą grą planszową w jaką miałem okazję grać. Zasady sprawiają, że każda decyzja jest trudna. Wszystkie elementy są istotne. Cóż z tego, że masz budynki, jeśli nie ma w nich kto pracować? Co z tego, że masz dużo towarów, jeżeli konkurenci załadowali statki i nie ma miejsca na twój towar? Masz magazyn? Nie? To tracisz towar... Czy Hacjenda to przydatny budynek? A może lepiej zainwestować w Mały targ?

"Puerto Rico" bez wątpienia zasługuje na pierwsze miejsce na Boardgamegeek, dróg do zwycięstwa jest wiele, jest w co się wgryźć. Jak sądzę, "Puerto Rico" będzie jedną z tych gier do których będziemy wracać często. I tylko szkoda, że mamy tak mało okazji by w nią grać.

P.S. Wolf wprowadził sie do naszego mieszkania. Jeszcze się boi, ale powoli eksploruje kolejne pomieszczenia.

03.03.2008

Czekając na Wolfcia...

Razem z żoną wybraliśmy się w zeszłym tygodniu do schroniska dla kotów. Od razu zakochaliśmy sie w ośmiomiesięcznym rudym kotku - Wolfie. Musiał mu się przydarzyć jakiś straszny wypadek albo okropny właściciel bo Wolf ma na głowie paskudną ranę - dziurę w czaszce, na szczęście rana się zagoiła, ale kotek jest bardzo nieśmiały i ucieka od ludzi. Odwiedziliśmy go ponownie w niedzielę i spędziliśmy z nim ponad dwie godziny, co wyraźnie pomogło skruszyć lody. Początkowo nieśmiały, Wolfciu przeobraził się w rozbrykanego urwisa, szczególnie wobec naszego odkrycia, że patyczek z pluszową pandą na sznureczku wydaje głośne szeleszczenie kiedy go potrzeć o palik do ostrzenia pazurków. Kot nie mógł puścić tego płazem pluszowej pandzie i z wielkim entuzjazmem rzucił się do karania jej za niegrzeczne zachowanie. Wreszcie Wolfciu zmęczył się i udał się na spoczynek do swojej starszej koleżanki Huldy. Tutaj dał się wreszcie pogłaskać i, co więcej, zaczął mruczeć, bardzo nas tym uszczęśliwiając. Teraz czekamy tylko na wizytę pań ze schroniska, które zadecydują, czy możemy zabrać Wolfa do domu.
Zapraszam do oglądania zdjęć z naszej wizyty, z góry uprzedzam, że jakość jest słaba, ale złapanie kota w ruchu jest niemalże niewykonalne.

05.02.2008

Studium w Szmaragdzie

Czytając BoingBoing.net, natknąłem się na link do opowiadania Neila Gaimana pt. "Study in Emerald", w wersji audiobooka, w wykonaniu samego autora! Gaiman czyta swe opowiadanie niczym zawodowy aktor - początki rozdziałów to krótkie reklamy z czasów wiktoriańskich, czytane z właściwą im egzaltacją, królowa Victoria mówi z niemieckim akcentem, a inspektor Lestrad brzmi jak typowy policjant. Słowem, słuchając Gaimana można poczuć się niczym 19-wieczny mieszkaniec Londynu.
Co więcej samo opowiadanie jest cudowne! Porywające i niesamowite niczym reszta utworów Gaimana w dodatku z niesamowitą wizją historii i śmiałą interpretacją na temat Sherlocka Holmesa. Zachęcam serdecznie do słuchania! Plik można pobrać stąd.

03.02.2008

Scrabble


Dzisiaj rozegraliśmy ze znajomymi fantastyczną partię "Scrabbli". Z dumą przyznaję się do zwycięstwa, z wynikiem 173 punktów! Osobiście uważam jednak, że najlepsza była żona, która ułożyła słowo "SZARP" za potrójną premię słowną, a następnie przedłużyła je do słowa "SZARPANE" uzyskując kolejną potrójną premię. Chytre indywiduum...
Daleko nam do mistrzów Scrabbli, ale jak na niezobowiązującą grę całkiem nieźle. Na dodatek układ stworzony przez naszą czwórkę był niezwykle ładny, więc zrobiliśmy zdjęcie. A właściwie spróbowaliśmy zrobić, bo wyszło fatalnie. Trochę retuszu poprawiło sytuację, ale nieznacznie.
Tak czy inaczej - miły niedzielny wieczór.

15.01.2008

Buzz Aldrin

Właśnie skończyłem słuchać podcastu „Futures in Biotech” ze strony TWIT, w którym występował dr Buzz Aldrin, znany wszystkim członek załogi Apollo 11, który jako drugi, po Neilu Armstrongu, człowiek stanął na powierzchni srebrnego globu. Nie wiem, jak to się stało, że w poświęconej biologii audycji wystąpił były astronauta, ale to kolejny powód, dla którego uważam, że podkasty to wspaniałe medium dla ludzi zainteresowanych nauką i techniką, zawsze można trafić na perełkę..

Wracając jednak do Adrina. Słuchanie, tego ponad siedemdziesięcioletniego inżyniera, pilota wojskowego i astronauty to wspaniałe uczucie. Niesamowita wiedza człowieka, który na wylot zna jedno z największych dokonań ludzkości, robi przygniatające wrażenie. Przyznam, że trzeba się orientować nieco w eksploracji kosmosu i historii tejże, bo Aldrin nie stroni od szczegółów technicznych, ale myślę, że naprawdę warto wysilić trochę swe szare komórki. Myślę, że to kolejna zaleta podkastów. Występujący w nich ludzie nie muszą upraszczać nadmiernie prezentowanych zagadnień, aby wcale trafić do szerokiego grona odbiorców, mogą sobie pozwolić na większą szczegółowość i wgryźć się w temat.

Co ciekawe Aldrin nie jest w cale starym „piernikiem”, który wspomina czasy minionej chwały. Sporo czasu poświęca na swoją obecną działalność popularyzatora badań kosmicznych. Bardzo interesująca są jego pomysły dotyczące m. in. zbierania funduszy poprzez loterię, w której nagrodą jest lot słynną rzygającą kometą , samolotem, który w locie nurkowym, przez kilkadziesiąt sekund panują warunki mikrograwitacji. Opowiada również szeroko, o nowych statkach kosmicznych, które mają zastąpić starzejące się promy kosmiczne – Orionach, które do złudzenia przypominają rozwiązania stosowane w misjach Apollo.

Aldrin z dużą energią wspiera ideę załogowej misji na Marsa. Jego wywody w dużej mierze przypominają mi koncepcje prezentowane przez Roberta Zubrina w książce „Czas Marsa”. Aldrin duży nacisk kładzie na czas trwania misji. Astronauci powinni spędzić na powierzchnii planety 5-7 lat, żeby misja miała sens. Stanowi to oczywiście gigantyczne wyzwanie, ale potrzeba nam takich śmiałych wizji. A wobec tak ekscytujących wiadomości, jak znalezienie prawdopodobnie aktywnego, młodego lodowca na powierzchni Czerwonej Planety, trudno zachować kamienny spokój.

Spotykam się z wieloma argumentami przeciw eksploracji kosmosu, postać Aldrina przekonuje mnie jednak, że nie powinniśmy się poddawać. Potrzebujemy śmiałych wizji i wielkich odkryć, aby ludzkość nie popadła w marazm, poza tym, jako biolog, uważam, że jedną z najważniejszych kwestii, które musimy rozwiązać, jest pytanie, czy gdzieś poza Ziemią rozwinęło się życie?

Jeszcze raz, gorąco polecam „Futures in Biotech”.

12.01.2008

Kannellbullar

Jedną z dwóch rzeczy, które lubię w Szwecji najbardziej, są cynamonowe bułeczki drożdżowe - „Kanelbullar”. Ich wykonanie jest niesamowicie proste i stało się moim pierwszym krokiem w dziedzinie ciasta drożdżowego. Przygotowanie kanellbullarów nie zabiera wiele czasu, a zapach z piekarnika jest niepowtarzalny. Przepis wziąłem z tej strony .

1 Składniki

Ciasto:

  • 2,5 deg drożdży

  • 7,5 deg margaryny

  • 250 ml mleka

  • 50 ml cukru

  • szczypta soli

  • łyżeczka mielonego kardamonu

  • 750 ml mąki

Masa:

  • 5 deg margaryny

  • 50 ml cukru

  • łyżeczka mielonego cynamonu

Glazura:

  • 1 jajko

  • cukier perłowy

2 Przygotowanie

  • Rozbij drożdże na grudki w misce, wlej mieszaninę mleka i rozpuszczonej margaryny o temp. 37 ºC.

  • Dodaj cukru, soli i kardamonu, wymieszaj.

  • Następnie dodawaj mąki, mieszając rękami, puki ciasto nie stanie się gęste i nie zacznie odchodzić od rąk. W razie potrzeby dodaj więcej mąki, niż podano w przepisie.

  • Odstaw na 30 min, najlepiej w ciepłe miejsce.

  • Przygotuj masę: Pokrój margarynę na małe kawałki, dodaj cynamon i cukier i rękami ucieraj na masę. Jest to najbardziej istotna część całej procedury. Z początku rozpuszczaliśmy margarynę, ale wówczas wypełnienie nie jest takie dobre.

  • Po 30 min wyjmij ciasto na stolnicę, albo blat stołu. Wysyp powierzchnię niewielką ilością mąki. Rozwałkuj ciasto, jak na pizzę, ale nie zbyt cienko.

  • Używając płaskiej łyżki rozprowadź masę na powierzchni ciasta. Masa jest dość twarda, więc uważaj, aby nie podziurawić ciasta.

  • Zwiń ciasto w ciasny rulon, jak makowiec, obetnij końce, gdzie nie ma wypełnienia i odłóż je na bok. Pokrój rulon na 2-3 cm plastry i ułóż je na uprzednio pokrytą papierem lub folią aluminiową, blachę. Aby wypełnienie nie wypływało na dno, mam zwyczaj wpychania wystającego na zewnątrz paska ciasta drożdżowego pod spód. W czasie pieczenia ciasto rozchodzi się na warstwy, więc Szwedzi umieszczają je w papierowych foremkach, ale nie jest to konieczne.

  • Odstaw uformowane bułeczki na pół godziny do wyrośnięcia. W tym czasie przygotuj glazurę.

  • Rozbij jajko i roztrzep żółtko. Posmaruj pędzlem wierzch bułeczek i posyp grubym cukrem. Można również dać na wierzch rodzynki, ale mają one tendencję do przypalania się w czasie pieczenia, więc ja ich nie używam.

  • Przy zwijaniu rulonu zawsze zostają skrajne kawałki, które nie zawierają masy. Mam zwyczaj rozwijania tego ciasta i posypywania go kardamonem, można oczywiście przygotować więcej masy cynamonowej. Z pozostałych kawałków zazwyczaj wyrabiam większą drożdżówkę.

  • Włącz piekarnik i ustaw go na 200 ºC. Piecz bułeczki 10-15 min. Zwracam przy tym uwagę, że czas pieczenia zależy od wielkości bułeczek, więc jest jedynie orientacyjny. Ja wyciągam bułeczki, kiedy są ładnie zarumienione.

Życzę powodzenia i smacznego.

1

02.01.2008

Symbiotyczna planeta - recenzja


Powszechność symbiozy w ekosystemach jest faktem, z którego nawet biolodzy nie zdają sobie do końca sprawy. Książka Lynn Margulis jest entuzjastycznym peanem na cześć symbiozy, która jest nie tylko niezbędnym elementem życia na ziemi, ale również istotnym czynnikiem kształtującym ewolucję życia na Ziemi.

„Symbiotyczna planeta” jest interesująca również jako materiał dla filozofa nauki. Autorka książki, jest, według mnie, na czele naukowej rewolucji grożącej staremu paradygmatowi. Teoria ewolucji jako akumulacji mutacji prowadzących w konsekwencji do tworzenia nowych form życia cierpi z powodu nieustannych ataków fundamentalistów chrześcijańskich, którzy pod pozorem naukowości próbują zaprzeczać i dyskwalifikować ewolucję jako fakt naukowy. Jednym z koronnych argumentów mających, jakoby obalić ewolucjonizm, jest tzw. nieredukowalna złożoność. Przedstawiona przez Margulis teoria seryjnej endosymbiozy (ang. serial endosymbiosis theory – SET), w jej skrajnej wersji, jest odważną, ale niezmiernie elegancką próbą wyjaśnienia różnorodności życia na Ziemi. Według tej teorii linie rozwojowe, nie tylko rozchodzą się od siebie w skutek mutacji, ale schodzą na skutek symbiozy. Powszechnie znanymi i akceptowanymi przykładami takiego właśnie zlania się linii rozwojowych jest powstanie oddychających tlenem Eukaryota poprzez symbiozę z bakteriami tlenowymi, które przekształciły się w mitochondria oraz fotosyntetycznych Eukaryota, które powstały poprzez inkorporację sinic. Margulis posuwa się o krok dalej prezentując koncepcję, według której, wici powstały w skutek symbiozy organizmów jednokomórkowych z krętkami Spirocheta.
Ze zrozumiałych względów ta ostatnia hipoteza spotkała się oporem środowisk akademickich. Margulis co rusz krytykuje stare dogmaty dotyczące ewolucji i systematyki. Prezentuje przy tym ciekawą analizę przyczyn, które leżą u podstaw problemów współczesnej biologii. Według niej karygodnym błędem jest stosunek większości naukowców do bakterii, które są postrzegane jedynie jako źródło chorób. Jeszcze poważniejszym zaniedbaniem jest ignorowanie pierwotniaków, dla których Margulis proponuje nazwę protoktisty. Biolodzy i, co ważniejsze, ewolucjoniści odcinają się nieświadomie od podstawowego źródła wiedzy o bioróżnorodności i ewolucji, jaką jest analiza tych organizmów.

Kolejnym zagadnieniem jaki omawia autorka „Symbiotycznej Planety” jest biogeneza. Jest ona zdecydowanym krytykiem teorii panspermii, słusznie zwracając uwagę na fakt, że odsuwa ona jedynie ten problem poza Ziemię nie starając się wyjaśnić jak życie mogło powstać. W dodatku panspermia może być odebrana jako odwołanie się do siły wyższej, co jest niedopuszczalne dla nauki. Autorka przedstawia znane powszechnie eksperymenty Millera – tworzenie skomplikowanych związków organicznych w pierwotnej atmosferze ziemi, reakcję Biełusowa-Żabotyńskiego , jako przykład reakcji samo podtrzymującej, autokatalityczne własności RNA, a także doświadczenia nad liposomami - sferami składającymi się z fosfolipidów, które są podstawowymi składnikami błon biologicznych. Definitywna odpowiedź na pytanie jak powstało życie pozostanie za pewne jeszcze długi czas niedostępna, ale jest to jedno z najbardziej interesujących zagadnień współczesnej biologii.

Margulis przedstawia symbiotyczną hipotezę powstania płci, jako reakcji obronnej prokariotów na warunki długotrwałego stresu. Według niej u podstaw płci mógł leżeć kanibalizm. Zestresowane, głodzone komórki pierwotniaków atakują często inne osobniki tego samego gatunku. Czasem atak jest nieudany i kończy się połączeniem jąder komórkowych kanibala i jego ofiary. Takie podwojone, diploidalne komórki dzielą się ponownie dopiero po ustaniu czynnika stresowego. Nietrudno sobie wyobrazić, że takie właśnie zdarzenie mogło dać podstawę powstaniu płci.

Kolejnym zagadnieniem poruszanym w książce jest kolonizacja lądów, przez powstałe w morzach, życie. Było to możliwe dzięki ścisłej kooperacji glonów i grzybów. Jako przykład Margulis przedstawia porosty, które rosną pod warstwą śniegu, przerastając leżące pod śniegiem skały na głębokość kilku milimetrów. Rok po roku ich wzrost powoduje erozję skały stwarzając warunki wzrostu dla innych organizmów. Mikoryza – symbiotyczny związek roślin i grzybów, który ułatwia roślinie pobieranie wody w zamian za związki organiczne, jest niezbędna dla życia większości gatunków roślin na Ziemi. Poruszone w tym rozdziale problemy łączą się bezpośrednio z kolejnym rozdziałem, poświęconym koncepcji Gai. Autorka stara się w nim zwalczyć mistykę jaką jest otoczona, stworzona przez Jamesa Lovelocka, hipoteza.

W swojej istocie hipoteza Gai oznacza, że Ziemia, na skutek istnienia żywych organizmów, stała się samoregulującym układem, czego doskonałym przykładem jest fakt istnienia tak dużej ilości tlenu i metanu w atmosferze. Wracając zaś do mikoryzy. Jest ona w dużej części odpowiedzialna za obieg wody. Korzenie drzew, wespół z grzybowymi partnerami, zatrzymują w glebie ogromną ilość wody.

Margulis przedstawia niezwykle optymistyczną wizję życia na Ziemi. Jest nie tylko daleka od charakterystycznego ewolucjonistom fatalizmu - „Natura czerwona w kły i pazury”; ale również krytykujących cywilizację fanatycznych obrońców przyrody. Według autorki życie na Ziemi jest bezpieczne. Ludzkość, zadufana w sobie, jest zbyt słaba, żeby mu zaszkodzić. Czy jednak jesteśmy w stanie obronić się przed samymi sobą jest całkiem inną kwestą. Za najlepszą ilustrację niech posłuży ten oto cytat: „Słyszę docierające ze wszystkich stron głosy obrońców naszych braci mniejszych – Dałem sobie świetnie radę zanim cię spotkałem, dam sobie radzę i teraz”.
Muszę powiedzieć, że jest to dla mnie książka porównywalna ze słynnym "Samolubnym Genem", który sprawił, że biologia stała się dla mnie nauką fascynującą i na nowo rozpaliła we mnie pasję. Czuję się podobnie teraz, po przeczytaniu dzieła prof. Margulis. "Symbiotyczna Planeta" wychodzi poza obecne horyzonty nauki, rysuje nowe mapy nauki i inspiruje do spojrzenia na dotychczasowe dogmaty w sposób bardziej krytyczny.  Mam w obowiązku nadmienić, że nie jest to jednak publikacja naukowa. Nieobeznany czytelnik mógłby odnieść takie wrażenie, dlatego podkreślam, że należy do wizji prof. Margulis podejść z dozą sceptycyzmu. Wszak łatwo zbłądzić na niezbadanym terytorium. Z drugiej strony odważni odkrywcy, nierzadko ryzykując kpiny i 
utratę reputacji, nie raz udowadniają, że nasze zrozumienie świata jest niepełne, 
i tworzą lepsze modele rzeczywistości. Chciałbym gorąco polecić "Symbiotyczną Planetę" zarówno biologom, jak również zwykłym ludziom, którzy interesują się 
nauką. Jest to porywająca książka, stanowiąca fascynujący obraz pasji naukowej 
oraz ilustrująca w doskonały sposób jak funkcjonuje nauka. Serdecznie polecam.

  1. Dopiski

  • Przykład specjacji – doświadczenie z różnicowaniem się muszek owocowych hodowanych w dwóch różnych temperaturach (T. Dobzhansky ).

  • Lynn Margulis „Symbiotyczna Planeta”, Wydawnictwo CiS, Warszawa 2000.

1